Ambos equipos suman 13 puntos tras cinco jornadas, uno más que Stuttgart, RB Leipzig y Hoffenheim, mientras que el Borussia Dortmund es sexto, a dos unidades de la cabeza.
El nigeriano Victor Boniface fue el gran protagonista del partido al marcar por partida doble (9 y 75 de penal), mientras que los otros tantos del equipo entrenado por el exinternacional español fueron obra de Jonas Hoffman (63) y del francés Amine Adli (82).
Por el Leverkusen destacó también el argentino Exequiel Palacios, asistente en los dos primeros goles de los locales.
Eren Dinkci igualó el marcador a un gol poco antes de llegar a la hora de juego (58), pero el equipo de Xabi Alonso, ultradominador en los 90 minutos, no perdió la paciencia hasta marcar la diferencia en el tramo final.
Con cuatro victorias y un empate, el Leverkusen iguala el mejor inicio de su historia en el campeonato germano, en 1986 y 2009.
El próximo fin de semana, el Bayern tendrá una salida complicada a Leipzig, mientras que el Leverkusen visitará al colista, Maguncia, que solo ha sumado un punto en cinco partidos.
El Liverpool subió al segundo puesto en la Premier League con un triunfo 3-1 en Anfield sobre el West Ham, este domingo en la 6ª jornada de la Premier League, en la que el Chelsea sufrió su tercera derrota del curso al caer 1-0 en casa con el Aston Villa.